El Papa Pío XII, por Bula “Dum insano”, del 21 de enero de 1957, crea la “Prelatura Nullius de Encarnación y Alto Paraná”,
El Papa Juan Pablo II, por Bula “Crevisse iam Ssimae Incarnationis”, del 19 de abril de 1990, eleva la Prelatura a la categoría de “Diócesis de Encarnación”.
El primer Prelado Ordinario de esta nueva jurisdicción eclesiástica fue Mons. Juan Wiesen, S.V.D., desde 21 de enero de 1957 hasta 1968.
Luego Mons. Juan Bockwinkel S.V.D., segundo Obispo-Prelado desde el 11 de mayo de 1.968. Más adelante, el 24 de julio de 1987 es nombrado Obispo-Prelado Mons. Jorge Livieres Banks. El 05 de julio de 2003, es nombrado Administrador Apostólico de la Diócesis Mons. Mario Melanio Medina, Obispo de San Juan Bautista de la Misiones.
El 12 de julio de 2004 es nombrado Obispo titular de la Diócesis, Mons. Ignacio Gogorza Izaguirre S.C.J., quien toma posesión de la sede el 12 de setiembre de 2004. Actualmente se encuentra pastoreando la Diócesis, el Mons. Francisco Javier Pistilli Scorzara, desde el 20 de diciembre de 2014.