La Diócesis de Encarnación comprende el VII Departamento de Itapúa, cuyos límites civiles adopta.
Decanato Encarnación: Comprende las localidades de Encarnación, Cambyreta, San Juan del Paraná.
Decanato Oeste: Comprende las localidades de Carmen del Paraná, Fram, Coronel Bogado, San Luis Gonzaga, San Cosme, Gral. Artigas, San Pedro del Paraná.
Decanato Centro: Comprende las localidades de Capitán Miranda, Nueva Alborada, La Paz, Jesús, Trinidad, Hohenau, Obligado, Pirapo, Pastoreo, Caronay, Bella Vista.
Decanato Norte: Comprenden las localidades de Yatytay, Natalio, Tomas R. Pereira (Ma.Auxiliadora), Mayor Otaño, Edelira, Capitán Meza, Tirol, Naranjito, San Rafael del Paraná, Itapúa Poty.